UW/04/ICM/1

Nazwa Centrum

Centrum Wielkoskalowego Modelowania i Przetwarzania Danych Biomedycznych UW

Nazwa labolatorium

Laboratorium Modelowania Wizualnego i Wizualnej Prezentacji Informacji Biomedycznej, Laboratorium Wielkoskalowych Obliczeń i Przetwarzania Danych Biomedycznych

Lokalizacja:

ICM, Uniwersytet Warszawski, ul. Prosta 69, piętro 2, 00-838 Warszawa

Nazwa aparatury:

Masywnie równoległa instalacja komupterowa z wysokowydajną siecią połączeń międzywęzłowych klasy CRAY XT-5h, IBM blueGene lub równoważna

Opis aparatury:

Laboratorium Modelowania Wizualnego i Wizualnej Prezentacji Informacji Biomedycznej

W ramach laboratorium przewiduje się tworzenie i rozwijanie nowych modeli wizualizacyjnych oraz algorytmów przetwarzania i prezentacji danych wielkoskalowych wraz z implementacją i udostępnianiem na potrzeby użytkowników CePT nowych narzędzi do prezentacji i wizualnej analizy danych.
W szczególności prace laboratorium skupione są wokół:

prowadzenia badań nad możliwościami wizualnej analizy danych,
modelowania wizualnego procesów przestrzennych i dynamicznych,
rozbudowy modularnych systemów wizualizacyjnych,
wdrażania szerokiego spektrum testów i szkoleń z zakresu użytkowania tworzonych rozwiązań,
wspomagania badań w dziedzinie metod i algorytmów numerycznych w zastosowaniach analizy wizualnej i przetwarzania biomedycznych danych obrazowych,
technik modelowania wizualnego procesów biomolekularnych,
analizy wizualnej i modelowania wizualnego w zastosowaniach biomedycznych,
optymalizacji implementacji algorytmów na wyspecjalizowanych architekturach stacji obliczeniowo graficznych.

Infrastrukturę obliczeniowo badawczą laboratorium stworzą: system klastrowy i stacje graficzne o architekturze asymetrycznej, wizualizacyjno-obliczeniowe klastrowe stacje graficzne.

Laboratorium Wielkoskalowych Obliczeń i Przetwarzania Danych Biomedycznych

Głównym zadaniem laboratorium jest utworzenie wysokiej klasy środowiska obliczeniowego dla zastosowań biomedycznych. Obliczenia i symulacje w tej dziedzinie bardzo często wymagają zastosowania systemów masywnie równoległych. Umożliwia to prowadzenie badań na znacznie większą skalę, przy większym poziomie szczegółowości oraz na otrzymywanie wyników w krótszym czasie. W takich systemach komputerowych oprócz łącznej mocy obliczeniowej ważne jest zapewnienie najwyższej klasy dedykowanej sieci komunikacyjnej pomiędzy procesorami, dzięki czemu możliwe jest uzyskiwanie ekstremalnej skalowalności aplikacji równoległych. System o takiej specyfice będzie podstawą działania laboratorium. Dodatkowo udostępnione zostaną zasoby pamięci dyskowej służące do przechowywania danych i wyników symulacji. Głównym celem laboratorium jest utworzenie znaczącego w skali europejskiej środowiska obliczeniowego dedykowanego zastosowaniom biomedycznym.
Jest to możliwe dzięki:

udostępnieniu wysokiej klasy systemu obliczeń masywnie równoległych,
udostępnieniu systemu zasobów pamięci dyskowej,
zapewnieniu wsparcia merytorycznego w dziedzinie modelowania komputerowego,
ze szczególnym uwzględnieniem zastosowań biomedycznych,
organizacji szeregu działań edukacyjno-szkoleniowych z zakresu optymalizacji oprogramowania oraz użytkowania systemów,
zapewnieniu wsparcia merytorycznego związanego z tworzeniem oraz optymalizacją oprogramowania, uruchamianiem wielkoskalowych obliczeń oraz obsługą systemu,
zapewnieniu wsparcia technicznego związanego z podtrzymywaniem pracy systemów.

Wymieniona działalność oparta jest na wieloletnim doświadczeniu ICM UW w świadczeniu podobnych usług dla środowiska naukowego w całej Polsce.